Uma das alterações mais comuns verificadas na clínica de quelônios, são as alterações traumáticas de carapaça e plastrão. Estas alterações variam desde mordidas de outros animais como cães, gatos e animais selvagens até atropelamentos por carros, motos e bicicletas.

Na Universidade da Flórida, a cada três consultas em quelônios, aproximadamente um era trazido ao hospital por alteração traumática na carapaça e/ou plastrão. Dependendo da gravidade do caso, necessita-se de anestesia geral geralmente inalatória, instrumental cirúrgico adequado para suturas em tecidos moles, medicamentos antibacterianos para limpeza das feridas, pomadas cicatrizantes, bandagens cicatrizantes especiais e medicamentos injetáveis como antibióticos e analgésicos (caso necessário). Em alguns casos, dependendo da extensão do trauma, opta-se pela realização de exames laboratoriais como cultura para bactérias e antibiograma.
Nos casos mais graves considerados emergências, os animais são trazidos com grande perda sanguínea causada pelo rompimento de vasos sanguíneos. Esta hemorragia deve ser controlada ligando-se os vasos rompidos com fio de sutura apropriado, eletrocauterização, e nos casos mais brandos uma pressão leve com gaze estéril, pode ser o suficiente para conter o sangramento. Nunca deve-se esquecer que a reposição de fluidos e eletrólitos, alimentação forçada através de “tubos“ ou sondas esofágicas e temperatura ambiente adequada podem ser requeridas.

Os cuidados básicos nos casos de emergências em répteis, são similares aos aplicados em outros animais. Alguns profissionais acostumados com a clínica e cirurgia de pequenos animais ou animais selvagens de sangue quente, podem ter dificuldade ao deparar-se com animais de sangue frio ou ectotérmicos, dependentes diretamente de aquecimento externo para um bom funcionamento do metabolismo interno. As dosagens dos medicamentos e as vias de administração são distintas, os répteis possuem um sistema porta-renal, e no caso da reconstrução da carapaça e/ou plastrão, utiliza-se desde furadeiras especiais, parafusos e fios ortopédicos, até resinas odontológicas.